Þetta tímabil Hólaprentsmiðju er í heild talið ómerkara en önnur í íslenskri prentsmiðjusögu, enda flestir Hólabiskupar á 18. öld fremur litlir skörungar. Það þykir því hafa verið óheppileg ráðstöfun að prentsmiðjan skyldi flutt norður aftur, einkum í ljósi þess að Skálholtsbiskupar á sama tíma voru meiri lærdómsmenn og líklegri til að koma á prent nýtilegum ritum. En hvað sem slíkum vangaveltum líður var vel tekið á móti tækjakosti prentverksins þegar norður kom. Reist var prentstofa, hið sæmilegasta hús í sex stafgólfum með fimm glergluggum og kakalofnum.
Það fyrsta sem prentað var að Hólum að þessu sinni var lofkvæði í tilefni af endurheimt prentsmiðjunnar, eftir séra Magnús Illugason á Húsavík. Árið eftir kom út söguleg útgáfa af Passíusálmunum, hin sjötta í röðinni. Björn biskup og prestar hans höfðu gert tvær breytingar á texta séra Hallgríms og þóttu þær síst til bóta. Urðu breytingarnar biskupi til vafasams heiðurs og reis upp mikill úlfaþytur.
Björn gaf út fleiri bækur en fáar merkar. Helst er að nefna Lögbók Íslendinga (Jónsbók), sem hann lét prenta tvisvar, 1707 og 1709. Árið 1709 kom upp eldur í prentsmiðjunni og urðu þar nokkrar skemmdir á tækjakosti. Hann var enda talinn úr sér genginn árið eftir, þegar Björn biskup lést. Eftir það var prentsmiðjan í eigu ekkju biskups, Þrúðar Þorsteinsdóttur, en hún var af ætt Guðbrands biskups, eins og aðrir þeir sem til þess tíma höfðu haft yfirráð yfir prentverkinu.
Steinn Jónsson
Við biskupsdómi eftir Björn Þorleifsson tók Steinn Jónsson, hægur maður og rólyndur. Eftir nokkurn ágreining um kaupverð keypti hann prentverkið af maddömu Þrúði á sama verði og maður hennar hafði goldið fyrir það á sínum tíma. Steini þóttu þetta vondir kostir, því honum þótti prentsmiðjan léleg og vildi láta slá af verðinu.
Prentsmiðjurekstur Steins biskups þótti með lítilli reisn eins og annar embættisrekstur hans. Merkasta rit hans er Vídalínspostilla, prentuð í tveimur hlutum 1724 og 26. Hana lét hann endurprenta í tvígang. Þá lét hann prenta nýja útgáfu af biblíunni, svonefnda Steinsbiblíu. Sú útgáfa þótti ekki góð; hún var óvandaðri en fyrri biblíur jafnt hvað frágang snerti og mál, sem var mjög dönskuskotið. Titill var eingöngu prentaður í svörtu, engar myndir voru í lesmálinu og stóru upphafsstafirnir sem prýtt höfðu fyrri biblíuútgáfur voru horfnir.
Engar jaðargreinar eru í Steinsbiblíu eins og voru í hinum fyrri, en tilvitnanir í aðra biblíustaði eru víða settir með smærra letri inn í meginmálið, sem spillir áferðinni á síðunum. Letur er annað en á fyrri biblíum og bæði slitið og óhreint, svo víða fellur það illa saman. En þrátt fyrir þessa galla er Steinsbiblía ekki meðal þess lélegasta að frágangi sem prentað var hér á átjándu öld. Fyrir utan þessar tvær bækur gaf biskup út nokkrar guðsorðabækur eftir sjálfan sig og aðra, auk endurprentana eldri rita.
Skúli Magnússon
Við andlát Steins biskups 3. desember 1739 var prentsmiðjan orðin aflóga, enda virðist hann ekki hafa aflað sér nýrra tækja í stað þeirra sem gengu úr sér. Að venju var gerð úttekt á biskupsstóli eftir andlát biskups og er þar að finna rækilega lýsingu á högum prentverksins; flest letur eru orðin slitin og sum ónothæf. Svo lítið var til af þeim flestum að varla hrökk til þess að setja eina örk. Pressunni er svo lýst af Halldóri Eiríkssyni prentara, að hún sé „forrotin og fordjörfuð“ og „skrúfan í henni aldeilis sundurgliðnuð“. Segir Halldór að þótt hann vildi væri öldungis ómögulegt að vinna nokkurt verk af einhverri alúð með slíkum og þvílíkum verkfærum.
Eftir lát Steins biskups var enginn biskup vígður til stólsins um nokkurt skeið, heldur tók Ludvig Harboe við sem staðarhaldari. Hann skipaði Skúla Magnússon ráðamann prentsmiðjunnar. Skúli var um þessar mundir sýslumaður Skagfirðinga en varð síðar landfógeti. Hann gekk til verka af röggsemi og dugnaði sem síðar á lífsleiðinni átti eftir að afla honum bæði vina og óvildarmanna; hann aflaði prentsmiðjunni nýrra, fegurri og fjölbreyttari leturfanga, mittel, cicero og corpus 1744. Einnig lét hann prenta allt árið, í stað þess að nýta í það veturinn einan eins og tíðkast hafði og nota sumarið til búskaparverka. Skúli lét prenta ýmsar bækur, jók upplög þeirra og lækkaði verðið að sama skapi. Auk þess brá hann á það nýmæli að auglýsa bækur sínar í Alþingisbókunum og má til þess rekja upphaf bókaauglýsinga á Íslandi.
Um þetta leyti lét Marteinn Arnoddsson af starfi prentara en við starfi hans tók Halldór Eiríksson, sem fyrr er nefndur. Hann hafði starfað í Kaupmannahöfn og Þýskalandi, en kom heim til starfa í prentsmiðjunni að Hólum vegna beiðni Skúla. Halldór taldi sig að vísu ekki bera það úr býtum sem honum bæri eftir langa og kostnaðarsama ferð hingað til lands frá Danzig. Í bréfi segist hann hafa yfirgefið sína „condition“ þar, að bréflegri beiðni Skúla og reist til Kaupinhafnar
„og þar antekið sér, saavidt mögulega ske kynni, þá commission sýslumanns um nýjar skriftir [letur] til Hólaprentverks, reist síðan með þeim til Íslands, hver reisa frá Danzig til Kh., uppihald þar nær tvo mánuði og kostur hingað yfir hafið sig hafi kostað ærna peninga“,
sem hann óskaði að fá endurgreidda. Skúli vildi greiða honum sama kaup og Marteinn hafði haft, það er frítt fæði og;
„camers með tilhlýðanlegri uppvartningu, 6 exemplaría frí af sérhverju, sem þrykktist og í kaup 6 hdr. [hundruð] á landsvísu í peningum eða öðrum þægilegum aurum.“
Þetta þótti Halldóri hins vegar ekki sanngjarnt því Marteinn hefði aðeins prentað yfir veturinn en Skúli vildi að „prentverkið brúkist árið um kring án uppihalds”. Samningar tókust með þeim í ágúst 1744 um að Halldór skyldi fá fyrrgreind fríðindi og 10 hdr. á landsvísu í peningum og þægilegum aurum fyrir alla virka daga ársins. 10 hundruð á landsvísu virðast hafa samsvarað 45 ríkisdölum.
Meðal þess sem til var ætlast af Halldóri var að hann skyldi kenna ungmennum prentiðn. Hann á hinn bóginn gerði þær kröfur að handrit sem í prentsmiðjuna kæmu og unnið skyldi eftir „séu rétt og accurate skrifuð og að hin sömu blífi við prentverkið, nær afþrykkt eru, til bevísningar, hvort þau í nokkru við þrykkinguna affærð verið hafi“. Hann vildi einnig að gert yrði við prentsmiðjuna og „nær það skeður, tilbýður hann sig, fyrst hingað kominn sé, til að þjóna í henni Guði og sínu fóðurlandi, svo lengi sem til endist“. Fyrsta bókin sem Halldór prentaði var Krossskólasálmar. Hún var prentuð með nýja letrinu sem hann hafði komið með að utan.
Halldór Brynjólfsson
Þegar Halldór biskup Brynjólfsson tók við Hólastóli haustið 1746 lét Skúli af stjórn prentverksins og biskup tók við. Halldór var raunar fremur talinn skrafhreifinn en framkvæmdasamur og átti auk þess stutta setu á biskupsstóli; andaðist haustið 1752. Prentsmiðjunni hnignaði nokkuð í tíð hans. Þó lét hann prenta nokkrar bækur og er kunnust þeirra Sú gamla vísnabók, 1748. Hún var, eins og fyrr er getið, að stofni til endurprentun vísnabókar Guðbrands biskups frá 1612, en aukin nokkrum nýrri kvæðum og formála Halldórs biskups.
Björn Markússon
Að Halldóri biskupi gengnum tók Björn Markússon, varalögmaður og sýslumaður Skagafjarðarsýslu, við umsjón prentsmiðjunnar og hafði hana á hendi í nokkur ár. Árið 1755 gaf hann út fyrstu útgáfu af nokkrum veraldlegum kvæðum og sálmum Hallgríms Péturssonar, Hallgrímskver, eins og bókin er venjulega nefnd. Hún náði fljótlega miklum vinsældum og var endurprentuð oft á komandi árum.
Björn tók upp þráðinn um útgáfu íslenskra fornrita og lét prenta tvö bindi þeirra 1756; Ágætar fornmannasögur (Agiætar Fornmanna Sögur, Eru aa Þryck Wtgeingnar, Ad Forlage Biörns Marcussonar) og Nokkra margfróða söguþætti Íslendinga (Nockrer Marg-Frooder SöguÞætter Íslendinga; Til Leifelegrar Skemtunar Og Dægra-Stittingar. Þessa Lands Innbyggiurum aa Prent settir, ad Forlage Biörns Marcussonar). Í bókum þessum voru birtar fjórtán sögur og frásöguþættir, en þær eru óneitanlega fátæklegri að allri útgerð en sögurnar frá Skálholti.
Björn afrekaði það einnig að gefa út tvær fyrstu skáldsögurnar sem prentaðar voru á íslenska tungu og gefnar út hér á landi. Þetta voru sögurnar Þess svenska Gústav Landkróns og þess engelska Bertholds fábreytilegir Róbínsons eður lífs og ævisögur (Þess Svenska Gustav Landkrons Og Þess Engelska Bertholds Faabreitileger Robinsons, Edur Lijfs Og Æfe Sögur). Sögur þessar voru þýddar úr dönsku af sr. Þorsteini Ketilssyni á Hrafnagili. Eins og nafnið bendir til voru báðar sögurnar af rót frásagnarinnar af Róbinson Krúsó, eftir Daniel Defoe. Voru slíkar frásagnir mjög í tísku í bókmenntum Evrópu um þessar mundir.
Hallar undan fæti
Ekki varð framhald á þessari útgáfustarfsemi frá Hólastóli. Prentsmiðjan var enn einu sinni komin af fótum fram; prentstofan hrörleg og eini setjarinn sem völ var á var áttrætt og óverkfært gamalmenni. Á árabilinu 1760-63 var ekkert prentað og voru jafnvel uppi um það ráðagerðir að flytja prentsmiðjuna í burtu frá staðnum. Sagt er að Skúli Magnússon, sem þá var orðinn landfógeti, hafi viljað fá hana til Reykjavíkur. Árið 1763 vildu Sveinn Sölvason lögmaður, Björn Markússon, Ólafur Stefánsson, síðar stiftamtmaður og fleiri aðilar fá prentsmiðjuna í sínar hendur með vissum skilmálum. Það mál gufaði þó upp eins og ósk Skúla.