Björn Jónsson (1846-1912), ritstjóri Ísafoldar fékk leyfi til prentsmiðjureksturs 1876 og stofnaði Ísafoldarprentsmiðju þann 16. júní 1877. Sigmundur Guðmundsson var ráðinn yfirprentari, en prentsmiðjan var til húsa á heimili Björns, í svokölluðu Doktorshúsi á Ránargötu 13 í Reykjavík. Þetta var sama árið og Prentsmiðja Einars Þórðarsonar hóf störf. Var með því rofin rúmlega 100 ára einokun þessarar starfsemi á Suðvesturlandi.

Samkeppni varð strax mikil á milli prentsmiðjanna og fór svo að Einar seldi Birni Jónssyni prentsmiðju sína 1886. Björn fékk hingað fyrstu hraðpressuna árið 1879 til þess að prenta blaðið Ísafold, en hún er nú varðveitt í Árbæjarsafni.

Björn Jónsson var prentsmiðjustjóri til 1909, en þá tók Ólafur Björnsson (1884-1919), sonur hans, við og rak hana til 1916.

Árið 1917 var byrjað að prenta Morgunblaðið og sá prentsmiðjan um það í 25 ár. Herbert Sigmundsson (1883-1931) var prentsmiðjustjóri til 1929 og Gunnar Einarsson (1893-1975) til 1955 en þá tók við Pétur (1912-1987) sonur Ólafs. Jón Kristjánsson (1929-) prentari var prentsmiðjustjóri 1972-1976. Ísafoldarprentsmiðja stendur því á gömlum merg.

Fljótlega var byggt hús yfir prentsmiðjuna í Austurstræti 8 og Austurstræti 10 var keypt og síðan var byggt í Þingholtsstræti 5. Nýir eigendur, Leó E. Löve (1943-) o.fl. komu að rekstri prentsmiðjunnar árið 1982.

1994 kom Frjáls fjölmiðlun inn í reksturinn og þá voru jafnframt keyptar húseignir við Þverholt 9 og Brautarholt 1. Sá rekstur gekk ekki upp. Frjáls fjölmiðlun fór síðan í þrot árið 2002. Upp úr þrotabúinu voru stofnuð hlutafélög um DV og Fréttablaðið, en Kristþór Gunnarsson (1960-) og Kjartan Kjartansson (1955-) prentari keyptu Ísafoldarprentsmiðju og var prentsmiðjan flutt í Garðabæ. Í dag er Fréttablaðið prentað þar, mest lesna dagblað á Íslandi.

Árið 2006 var síðan flutt í 7000 fm nýtt húsnæði, að Suðurhrauni 1 þar í bæ. Í nóvember 2010 hlaut Ísafoldarprentsmiðja vottun Svansins – Norræna umhverfismerkisins.